手術治療主要是用于抗生素控制治療不滿意的，輸卵管卵巢膿腫或者是盆腔膿腫，其手術指征主要有以下幾點：
第一，藥物治療無效的，輸卵管卵巢膿腫或者是盆腔膿腫，其藥物治療48到72小時，體溫持續(xù)不降，患者重度癥狀加重或者包塊增大者，應該及時手術，以免發(fā)生膿腫破裂。
第二，膿腫持續(xù)存在，經(jīng)藥物治療病情有好轉，繼續(xù)控制炎癥數(shù)日，包塊仍未消失或者已局限化，應及時手術切除，以免日后再次急性發(fā)作。
第三，膿腫破裂，突然腹痛加劇，寒戰(zhàn)，高熱，惡心嘔吐，腹脹。檢查腹部拒按或有中毒性休克表現(xiàn)，應該懷疑是膿腫破裂，若膿腫破裂未及時診治，死亡率較高。因此，一旦懷疑膿腫破裂應立即在抗生素治療的同時，行剖腹探查。
手術可根據(jù)情況選擇經(jīng)腹手術或者是腹腔鏡手術，手術范圍應該根據(jù)病變的范圍，患者的年齡一般狀態(tài)及全面考慮。原則上，是切除病灶為主，年輕的婦女應盡量保留卵巢功能，以采用保守性手術為主。年齡大，雙側附件受累或者是附件膿腫屢次發(fā)作者，可以行全子宮以及雙側附件切除術。對于極度衰弱危重患者的手術范圍，根據(jù)具體的情況來決定，如果盆腔膿腫的位置比較低，突向陰道后穹窿的時候，可行陰道切開排膿，同時注入抗生素。
