快速眼動睡眠覺醒障礙的發(fā)病機制還不是很清楚，動物的實驗中損傷腦球張力遲緩或者是它的下行通路導(dǎo)致快速眼動睡眠肌張力遲緩。人類大腦某些區(qū)域，比如邊緣系統(tǒng)可能會參與暴力夢境和相關(guān)情境的情緒的產(chǎn)生。
有人研究發(fā)現(xiàn)，特發(fā)性的快速眼動睡眠覺醒障礙患者的紋狀體多巴胺轉(zhuǎn)運蛋白減低，帕金森病患者紋狀體多巴胺受體嚴(yán)重減低，而相當(dāng)數(shù)量的帕金森病患者早期有快速眼動睡眠覺醒障礙表現(xiàn)，因此就有假說認(rèn)為就是紋狀體多巴胺系統(tǒng)功能障礙可能就是和快速眼動睡眠覺醒障礙有關(guān)系。
但是快速眼動像睡眠及張力遲緩的相關(guān)的一些精確的解剖變化和病理生點仍然存在一些爭議，快速眼動睡眠覺醒障礙的易感因素包括像男性年齡在五十歲及以上有潛在的神經(jīng)系統(tǒng)疾病，或者是創(chuàng)傷后應(yīng)激障礙等等。它的誘發(fā)因素包括服用藥物，尤其是抗抑郁藥文拉法辛、五羥色胺再攝取抑制劑、米氮平以及除安非他酮以外的其他的抗抑郁藥、β受體阻斷劑、膽堿酯酶抑制劑，司來吉蘭。此外吸煙、頭部外傷、暴露于殺蟲劑等等，也是發(fā)生的環(huán)境危險因素。
