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85%到95%的病毒性腦炎都是由于腸道的病毒引起，這種病毒有60多個(gè)小亞型，包括脊髓灰質(zhì)炎病毒、柯薩奇病毒和?？刹《镜鹊龋駟渭儼捳钚筒《竞拖俨《疽彩瞧渲兄?，腸道病毒主要都是通過糞口進(jìn)行傳播，少數(shù)可以通過呼吸道的分泌物來進(jìn)行傳播，大部分病毒在消化道會出現(xiàn)最初的感染。

腸道細(xì)胞上會由于腸道病毒結(jié)合的特殊受體，使得病毒能夠經(jīng)過腸道入血，產(chǎn)生病毒血癥，再從脈絡(luò)叢侵犯到腦膜引發(fā)腦膜炎癥性的改變，在腦膜上會出現(xiàn)一些彌漫性的增厚，在顯微鏡下可以看到腦膜有比較明顯的炎癥細(xì)胞浸潤。

大腦以及小腦的腦室的脈絡(luò)叢都會出現(xiàn)炎癥細(xì)胞的浸潤，伴有一些局部的破壞性的血管壁，會出現(xiàn)一些纖維化，甚至?xí)霈F(xiàn)一些基底的軟腦膜炎，這些都可能會造成病毒進(jìn)一步侵犯到腦膜之后引起相應(yīng)的癥狀，本病大多還是處于一種慢性的良性過程。