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甲硝唑治療的疾病不同，服用的方法和療程不同。主要是用于治療腸道和腸外的阿米巴病，還可用于治療陰道滴蟲病，小袋蟲病和皮膚利什曼病，麥地那龍線蟲感染療效比較顯著，目前還廣泛用于厭氧菌感染的治療。

成人的常用劑量，對于腸道阿米巴病一次食用兩到三片，一天三次，療程七天。腸道外的阿米巴病，一次三到四片，一天三次，療程二十天。假滴蟲病是一次兩片，一天三次，療程五到十天。麥地那龍線蟲病，治療是一次一片，每天三次，療程是七天。皮膚利什曼病，一次一片，一天四次，療程是十天間隔十天以后再重復(fù)一個(gè)療程。滴蟲病是一次一片，一天四次，療程是七天。

在治療滴蟲病時(shí)可以同時(shí)應(yīng)用甲硝唑的栓劑，每天晚上一粒，放入陰道內(nèi)連續(xù)用七到十天。厭氧菌感染每天用三到六片，分三次服用七到十天為一個(gè)療程。