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肝結(jié)石的發(fā)病原因與膽道的細(xì)菌感染，寄生蟲的感染以及膽汁的滯留有很大的關(guān)系。感染是導(dǎo)致結(jié)石形成的首要因素，感染的原因常見的是膽道寄生蟲感染和復(fù)雜性的膽管炎，差不多所有的肝內(nèi)膽管結(jié)石病人膽汁培養(yǎng)，均可檢出一些細(xì)菌。感染的細(xì)菌主要是來源于腸道，常見的細(xì)菌是大腸桿菌及一些厭氧菌，大腸菌和一些厭氧的菌感染時(shí)，產(chǎn)生的葡萄糖醛酸苷酶在膽道感染時(shí)，產(chǎn)生一些內(nèi)生性的葡萄糖醛苷酶，能夠結(jié)合型膽紅素水解，生成游離的膽紅素而沉著。

膽汁滯留是肝內(nèi)的膽管結(jié)石形成的必要條件，只有在膽汁滯留的條件下，膽汁中的成分才能夠沉積并形成結(jié)石，引起膽汁滯留的是膽道狹窄或膽道畸形，在梗阻的遠(yuǎn)端膽管內(nèi)的壓力會升高，膽管會擴(kuò)張，膽流緩慢，這樣就會造成結(jié)石的形成。