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潛伏期一般七到十天，可以長至二十一天，臨床病程可以分為三期：

一、卡他期，從發(fā)病開始到出現(xiàn)輕咳一般約一到兩周，開始癥狀類似感冒，除咳嗽外可有流涕，噴嚏，輕度發(fā)熱，也可只有干咳，并不引起注意，當(dāng)其他癥狀逐漸消失，咳嗽反而加重，日輕夜重，漸成痙咳狀。

二、痙咳期，一般為兩到六周，陣發(fā)性，痙攣性咳嗽為本期的特點，發(fā)作時頻頻不間斷的短咳十余聲或數(shù)十聲為呼氣狀態(tài)，最后深長吸氣。因其時喉部仍呈痙攣狀態(tài)，故伴有高音調(diào)的雞鳴樣叫聲，接著又發(fā)生下一次的痙咳，如此反復(fù)發(fā)作多次，直至咯出黏稠的痰液為止。

三、恢復(fù)期，一般約兩到三周，陣發(fā)性痙咳減輕，次數(shù)減少，雞鳴樣吸氣聲消失，患兒精神食欲逐漸恢復(fù)正常。如果有并發(fā)癥，此期可延長。