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結(jié)膜炎的鑒別主要依靠臨床癥狀、主要體征和病原學(xué)檢查。

臨床癥狀和主要體征出現(xiàn)的部位不同，有助于結(jié)膜炎的鑒別診斷，其中結(jié)膜濾泡和乳頭出現(xiàn)的位置、形態(tài)、大小，均是重要的診斷和鑒別依據(jù)。

例如沙眼的炎癥，上瞼結(jié)膜較下瞼嚴(yán)重，濾泡常出現(xiàn)在上瞼膜的邊緣，而包含體性的結(jié)膜炎的濾泡增值性的改變，更常見于下瞼結(jié)膜。分泌物的多少以及性質(zhì)、真膜、偽膜、潰瘍、皰疹、角膜炎以及血管是否存在，而前淋巴結(jié)是否腫大，皆助于診斷不同，結(jié)膜炎臨床特征和診斷要點(diǎn)也不同。

病原學(xué)檢查為了病因診斷和正確治療，有時(shí)必須進(jìn)行病原性檢查，例如淋球菌引起的結(jié)膜炎，在結(jié)膜上皮和中性粒細(xì)胞的細(xì)胞內(nèi)可找到成雙排列的淋球菌，必要時(shí)可做細(xì)菌和真菌的培養(yǎng)，藥物敏感試驗(yàn)等。