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甲基苯丙胺在動物研究的時候，強烈提示有潛在的致畸性。在人類當中唇腭裂和心臟異常，已經(jīng)有報道和描述。

但是有藥物使用問題的女性身上，有可能會有其他的一些混雜的因素，所以這個藥物和致畸方面的關(guān)系，也沒有得到一個非常直接的證實，也沒有證據(jù)直接能夠證實妊娠頭三個月，接觸甲基苯胺有一致的綜合征。妊娠期使用甲基苯丙胺，和不良胎兒的結(jié)局增多之間的關(guān)系得到了較為肯定的證實。

使用甲基苯丙胺和早產(chǎn)也有相關(guān)性。有的學者表明，研究表明甲基苯丙胺和零到十四歲兒童，長期發(fā)育的神經(jīng)行為和神經(jīng)認知障礙相關(guān)，比如學習障礙、注意力差、記憶力損害、皮質(zhì)下結(jié)構(gòu)體積減小也在這些孩子當中得到了證實。

當然這些情況也混雜了生物和社會因素，但是甲基苯丙胺是可能對發(fā)育中的大腦有神經(jīng)毒性，新生兒階段經(jīng)常有報道，但是似乎有一定的自限性。