肝結(jié)核的臨床表現(xiàn)缺乏特異性，常常為肝外的結(jié)核癥狀所掩蓋，臨床診斷十分困難，多數(shù)的病例是通過肝穿刺活檢，診斷性腹腔穿刺或者是剖腹探查，甚至有些是通過尸體解剖才能做出診斷。
國內(nèi)報道平均的誤診率是93.1%，以下的幾點可以作為診斷的參考：
一，肝區(qū)疼痛不適，有結(jié)核中毒癥狀，并伴有肝外結(jié)合及結(jié)合病史。
二，慢性的肝腫大，伴腹脹腹痛，肝功能異常，甲胎蛋白是陰性。
三，有PCR結(jié)合抗體，ppt等相關(guān)的實驗室檢查數(shù)據(jù)。
四，影像學(xué)的檢查病變范圍比較廣泛，界限不是很清楚，有斑片狀鈣化，病灶中有膿腔形成或者散在的囊腔低密度區(qū)，而白細(xì)胞不高。
五，ct增強掃描呈現(xiàn)不規(guī)則的斑塊狀，條狀強化，膿液沒有強化。
六，肝組織病理檢查證實，并能排除全身粟粒性結(jié)核病，高度疑似肝結(jié)核，但是沒能得到病理學(xué)的或者系統(tǒng)學(xué)的檢查證據(jù)，可以先診斷性的治療，可以進(jìn)行抗結(jié)核化療四到八周，如果臨床情況明顯的改善了，是有利于肝結(jié)核的診斷的。
