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病變表現(xiàn)為同時(shí)累及回腸末端與鄰近右側(cè)結(jié)腸者；只涉及小腸者；局限在結(jié)腸者。病變可涉及口腔、食管、胃、十二指腸，但少見。

大體形態(tài)上，克羅恩病特點(diǎn)為：1病變呈節(jié)段性或跳躍性，而不呈連續(xù)性；2黏膜潰瘍的特點(diǎn)：早期呈鵝口瘡樣潰瘍；隨后潰瘍增大、融合，形成縱行潰瘍和裂隙潰瘍，將黏膜分割成鵝卵石樣外觀；3病變累及腸壁全層，腸壁增厚變硬，腸腔狹窄。

組織學(xué)上，克羅恩病的特點(diǎn)為：1非干酪性肉芽腫，由類上皮細(xì)胞和多核巨細(xì)胞構(gòu)成，可發(fā)生在腸壁各層和局部淋巴結(jié)；2裂隙潰瘍，呈縫隙狀，可深達(dá)黏膜下層甚至肌層；3腸壁各層炎癥，伴固有膜底部和黏膜下層淋巴細(xì)胞聚集、黏膜下層增寬、淋巴管擴(kuò)張及神經(jīng)節(jié)炎等。

腸壁全層病變致腸腔狹窄，可發(fā)生腸梗阻。潰瘍穿孔引起局部膿腫，或穿透至其他腸段、器官、腹壁，形成內(nèi)瘺或外瘺。腸壁漿膜纖維素滲出、慢性穿孔均可引起腸粘連。