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腦炎后遺癥多數(shù)是可以恢復的，可是恢復的程度還是與病毒的分類有關(guān)系，

比如病毒性腦炎的預后與病變的范圍和病情的輕重有關(guān)，如果腦部病變比較局限，并且未侵犯生命中樞，病情較輕時往往預后良好，但是如果昏迷持續(xù)的時間較長或者有頻繁的驚厥，腦部缺氧及病理變化加重，預后比較差，并且容易容易留有神經(jīng)精神方面的后遺癥，

另外某些病毒所致的腦炎預后較差，比如麻疹腦炎和亞急性硬化性全腦炎，患者的病死率比較高，單純皰疹病毒腦炎患兒的病死率可達30%以上，約半數(shù)的存活者中會留有一定的后遺癥，巨細胞包涵體病毒和風疹病毒的先天性感染侵犯多種臟器，當侵犯腦組織時其預后比后天性的腦炎更差，可能會引起大腦性癱瘓，小腦畸形，智力減退運動障礙等等。