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對于大多數(shù)卵巢囊腫可以自行消退，因此大部分病例僅需要隨訪觀察，一般兩到三個月，或者兩到三個月經(jīng)周期，沒有癥狀的患者，可以觀察更長時間。

對于功能性單純性囊腫的手術(shù)指征為，如果患者出現(xiàn)明顯癥狀，而且系列的超聲隨訪未見消退，對于大于五公分的囊腫，有較大的扭轉(zhuǎn)風(fēng)險(xiǎn)，還有就是擔(dān)心有惡性可能的時候，可以進(jìn)行手術(shù)干預(yù)。

對于復(fù)雜性囊腫，多由于囊腫內(nèi)出血或者囊腫為真性瘤性病變，特別是黃體囊腫，一旦破裂可以引起一定量的腹腔內(nèi)出血，故而對于黃體囊腫，超聲隨訪兩到三個月經(jīng)周期，未見消退，或伴有明顯的癥狀，有手術(shù)干預(yù)指征。真性的囊腫需要手術(shù)干預(yù)，尤其出現(xiàn)在腫瘤指標(biāo)增高的患兒，或者伴有鈣化和脂肪等復(fù)雜成分的腫瘤，后者已不是腫瘤而是畸胎瘤。